13號文實施后，境外直接投資項下外匯登記業務也由銀行按規定直接辦理，對銀行的要求也與境內直接投資基本相同。難點在于銀行不但要了解境內機構境外直接投資業務，還要了解境內個人投資境外特殊目的公司的業務。
一、主要業務類型
1.前期費用登記：境內機構在境外投資設立項目或企業前，需要向境外支付的與境外直接投資有關的費用，如繳納保證金和支付租用辦公場地等費用。支付相關費用前需要申請辦理前期費用登記。
2.境內機構新設境外企業登記：境內機構在境外新設(含并購)企業或投資項目時，境內機構應辦理境內機構境外直接投資登記，即新設境外企業登記。
3.境外直接投資變更登記：境內機構在進行境外投資過程中，會發生義務出資變化(含增資、減資)、實際出資減資、境外標的企業的股東股權轉讓以及相關主體檔案基本信息變化等情況，需要相應申請辦理境外直接投資變更登記。
4.境外企業注銷登記：境外企業可能因破產、解散、清算、經營期滿等原因注銷，需要相應申請辦理境外直接投資注銷登記。
5.特殊目的公司登記：境內居民個人設立特殊目的公司也相應存在登記、變更及注銷等業務。
二、操作重點及難點
1.境內機構境外投資時，應登記境內機構投資的第一層級境外企業，當境內主體通過給第一層級企業增資以便再投資其他境外企業時，要將這部分增量投資疊加在第一層級的中方投資總額中。
2.銀行應審核企業填寫的《境外直接投資外匯登記業務申請表》信息，如與《企業境外投資證書》或其他相關主管部門的批復文件或合作合同相關約定信息不一致，原則上不得為其辦理相關業務。如有特殊原因，企業應提交相關材料予以說明,并以《申請表》為準辦理相關業務。
3.多個境內機構共同實施一項境外直接投資的，由約定的一個投資主體向其注冊地銀行申請辦理變更登記，其他境內機構無需重復申請。
4.變更登記前，銀行應認真核實系統登記信息是否與企業實際投資情況相符。如不相符,銀行應向當地外匯局報告，待信息調整正確后再進行變更登記。企業登記業務完成后，銀行應通過“綜合查詢-歷史協議查詢”查看本次登記的信息及全貌信息是否與企業實際情況相符。如不符,銀行應暫緩向企業發放《業務登記憑證》,并向當地外匯局報告，待信息調整正確后再發放《業務登記憑證》。
5.減資或轉股登記時，應區分減資或轉股的標的是義務還是實際，并區分不同系統功能模塊辦理。在轉股同時包含義務和實際的情況下，應先辦理轉實際，再辦理轉義務。
6.在變更登記業務后續可能發生跨境流動的情況下，會生成新的業務登記憑證。比如，中轉外(實際)和外轉中(實際)業務，都會生成相應的業務登記憑證。對于義務出資的變更，由于只是對原有義務出資額度的更改，所以生成的業務登記憑證上的編碼不變。
7. 除設立特殊目的公司外，境內居民個人境外直接投資業務尚未放開。
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